根據《內蒙古黨委辦公廳、政府辦公廳關于印發<包頭市機構改革方案>的通知》（廳發〔2009〕48號）精神，設立包頭市農牧業局，為包頭市工作部門。主要職責如下：
（一）貫徹執行國家、自治區和包頭市關于發展農牧業和農村牧區經濟工作的方針政策、法律法規，并監督實施。研究擬訂全市種植業、畜牧業、漁業、農牧業機械化、農墾、鄉鎮企業等農牧業各產業和農村牧區經濟發展的方針政策、發展規劃、年度計劃，并組織實施；參與制定涉農涉牧的財稅、價格、金融保險、進出口等政策和辦法。
（二）承擔完善農村牧區經營管理體制的責任。研究提出深化包頭市農村牧區經濟體制改革和穩定、完善農村牧區基本經營制度的政策建議；組織擬訂包頭市農牧業地方性法規規章草案，健全農牧業行政執法體系；扶持農牧業社會化服務體系、農村牧區合作經濟組織、農牧民專業合作社和農畜產品行業協會的建設與發展；指導農村牧區土地（草場）承包、耕地使用權流轉和承包糾紛仲裁管理；監督減輕農牧民負擔和農牧民籌資籌勞管理工作，指導農村牧區集體資產和財務管理。
（三）負責組織落實促進糧食等主要農產品生產發展的相關政策措施，引導農業產業結構調整和產品品質的改善；會同有關部門指導農業標準化、規模化生產，按照包頭市規定權限審批、核準包頭市規劃內和年度計劃規模內固定資產投資項目；編報部門預算并組織執行，提出扶持農業、農村發展的財政政策和項目建議，擬訂農業開發計劃并監督實施；配合包頭市財政局組織實施農業綜合開發項目。
（四）負責組織落實促進畜牧業生產發展的相關政策措施，指導畜牧業產業結構調整和主要畜產品質量升級；會同有關部門指導畜牧業優化區域布局，指導標準化、規模化生產；負責奶業生產監督管理；負責畜牧業生產預警監測及防災減災工作。
（五）負責擬訂農牧業產業化經營的政策、規劃，并組織實施；指導農畜產品加工業結構調整、技術創新和服務體系建設；研究制訂大宗農畜產品市場體系建設與發展規劃；培育、保護和發展農畜產品品牌。制定鄉鎮企業發展規劃、計劃，指導縣域經濟發展；指導鄉鎮企業職業技能開發工作。
（六）承擔提升農畜產品質量水平的責任，依法開展農畜產品質量風險評估，發布有關農畜產品質量狀況信息，負責農畜產品質量監測；按照管理權限，負責審核農牧業轉基因生物生產加工許可；會同有關部門組織實施國家有關農畜產品質量評價標準；指導農牧業檢驗檢測體系建設；依法實施符合標準的農畜產品認證和監督管理。
（七）組織、協調農業生產資料市場體系建設，依法開展農作物種子（種苗）、草種、種畜禽、農藥、獸藥、飼料、飼料添加劑的生產銷售許可及監督管理；依法負責漁船、漁機、網具的監督管理；負責獸醫醫療器械和有關肥料的監督管理；組織開展飼料資源的保護及合理開發利用工作，負責飼料產品質量管理工作；負責對農牧業機械產品質量的監督管理。
（八）負責農作物病蟲害和畜禽疫病的防治。承擔動植物防疫和檢疫的法律法規草案的起草，會同有關部門制訂動植物防疫檢疫辦法，并組織實施；負責指導動植物防疫和檢疫體系建設，組織和監督全市動植物的防疫檢疫工作，負責發布疫情、組織撲滅工作；負責組織植物檢疫性有害生物普查；負責獸醫醫政、獸藥藥政和生物工作；負責執業獸醫的管理。
（九）承擔農牧業防災減災的責任，負責監測、發布農牧業災情，組織種子、化肥等救災物資儲備和調撥；提出生產救災資金的安排使用建議，指導緊急救災和災后生產恢復。
（十）負責管理農牧業和農村牧區經濟信息工作，負責農牧業信息體系建設；承擔監測分析農牧業和農村牧區經濟運行工作，開展農牧業統計，發布農牧業和農村牧區經濟信息，指導農牧業信息服務。
（十一）負責制定包頭市農牧業科研、農牧業技術推廣的規劃、計劃和有關政策，會同有關部門組織農牧業科技創新體系和農牧業產業技術體系建設；按分工組織實施農牧業重大專項科研；組織實施農牧業領域的高新技術和應用技術研究、農牧業科技成果轉化和技術推廣，負責農牧業科技成果的管理；組織引進國外農牧業先進技術，開展農牧業貿易促進和有關經濟、技術交流與合作；指導農技推廣體系改革與建設，負責農牧業新品種保護和農牧業轉基因生物監督管理。
（十二）組織指導農牧業教育和農牧業職業技能開發工作，參與實施農村牧區實用人才培訓工程，承擔農村牧區勞動力轉移就業培訓工作；配合有關部門依法實施農村牧區人才專業技術資格和從業資格的相關管理工作。
（十三）指導農牧業用地、漁業水域、草原、宜農宜牧灘涂、宜農宜牧濕地以及農牧業生物物種資源的保護和管理，負責水生野生動植物保護工作；擬訂耕地及基本農田質量保護措施，并指導實施，依法管理耕地質量；運用工程設施、農藝、農機、生物等措施發展節水農業；會同有關部門處理重大漁事糾紛，維護漁業水域漁業權益，代表包頭市行使漁船檢驗和漁政漁港監督管理權。
（十四）負責實施農牧業生態建設規劃、草原生態保護和建設規劃，指導草原保護、建設和合理利用工作，指導農村牧區可再生能源綜合開發與利用；指導農牧業生物質產業發展和農牧業、農村牧區節能減排，承擔農牧業水源污染治理有關工作；指導生態農牧業、循環農牧業發展；負責保護漁業水域生態環境。
（十五）擬訂全市新農村新牧區建設發展規劃和年度計劃并組織實施；指導、協調、監督旗縣區新農村新牧區建設工作；研究擬訂全市“收縮、轉移、集中”戰略中相關規劃、意見、政策，并指導監督旗縣區組織實施工作；承擔市農村牧區勞務輸出領導小組的日常工作；指導、協調、監督旗縣區和市屬相關部門農村牧區勞務輸出工作；研究擬訂全市農村牧區勞務輸出的實施意見、發展規劃和年度計劃，組織實施農村牧區勞動力組織化、規模化輸出；承辦包頭市統籌城鄉發展涉及的農牧業工作。