（一）辦公室
協助局領導處理日常工作，協調機關政務工作；負責有關工作的上傳下達和檢查督辦；負責文電、保密、檔案、政務信息與政務公開、新聞宣傳與新聞發布、農情調度、建議提案辦理、突發事件應急綜合管理、保衛、機關后勤等工作；承擔農業農村發展改革研究，提出產業保護和發展的政策建議，組織有關綜合性報告、文件的起草與審核。
（二）人事科
負責局機關和局屬單位的人事管理、勞動工資、機構編制工作；負責局屬單位專業技術職務的申報推薦和干部年度考核工作；參與指導和管理全市農業行業人事勞動工資和農業行業技術考核工作；承辦局管干部培訓、推薦考核、報批等工作；負責局機關和直屬單位的黨務工作，協助做好局屬單位領導班子建設工作。負責農民技術職務和科技干部評先、農業勞模的評審及農業學會、協會的管理等工作。
（三）發展計劃與財務科
擬定農業農村經濟發展戰略和中長期規劃；組織申報農業投資項目，會同有關部門監管農業項目建設項目；參與項目的管理；編報本級部門預算并組織執行；負責指導、監督局屬單位財務管理、會計核算、政府采購、國有資產管理工作；組織內部審計；管理局機關各項資金和監督財務制度執行。
（四）科技教育科
擬定農業科技、教育發展規劃，承辦實施科教興農戰略工作；協調農業技術推廣服務體系和技術推廣隊伍建設工作；指導農業科研、職業技術教育和農民從業技能培訓工作；協調農科教關系，承辦重大科研和技術推廣項目的遴選及實施工作；管理科技成果，組織協調農業植物新品種保護、農業轉基因生物和外來物種管理相關工作；會同有關部門擬訂農業農村人才隊伍建設規劃并組織實施。
（五）政策法規與行政審批科
負責審核本部門的規范性文件，對其他部門起草的規范性文件中涉及農業和農村經濟的條款提出審核意見；負責農業行政執法體系建設和農業法制宣傳教育工作；負責本部門的行政審批工作，發放有關行政許可證件；負責農業行政執法人員培訓及證件審核發放工作；組織涉農大案要案的調查取證及鑒定工作；依法審理本部門的農業行政執法案件；監督檢查本系統農業執法單位的執法工作；負責本部門行政訴訟案件的應訴工作，承擔農業行政復議工作。
（六）農產品質量監督管理辦公室
組織擬訂農產品質量發展規劃；組織農產品質量監督管理工作；組織實施農產品質量監測和信息發布；組織指導農業檢驗檢測體系建設工作；組織依法實施符合標準的農產品認證和監督管理的有關工作；組織擬訂農產品生產技術市級地方標準。
（七）農業產業化科（掛市場與經濟信息科、對外合作科牌子）
研究制定并組織實施農業產業化及農產品加工業發展的政策措施、發展規劃；組織規劃農業各產業的合理布局、協調發展和農村資源的有效配置；負責農業產業化龍頭企業的評審、報批及動態管理與服務工作；推進農業、農村經濟產業化。
組織指導農產品市場體系建設和農業信息服務體系建設；提出大宗農產品和重要的農業生產資料的流通及價格政策建議；承擔農業統計有關工作；分析與預測農業生產和農村經濟運行情況；發布農業產品及農業生產資料供求情況等信息，指導農業信息服務；負責洪湖農業信息網的維護管理，指導農業部門信息系統及網絡建設；承擔農產品促銷和培育、保護與發展農產品品牌有關工作。組織協調“菜藍子”工程；承辦農業涉外事務；組織協調管理我市與有關國際組織或機構的農業對外經濟技術交流與合作；承擔農業外援工作的有關事宜；負責招商引資工作。
（八）生產科
負責制訂全市農業生產發展規劃；研究提出種植業發展規劃與重大技術措施，引導種植業結構和布局的調整；承擔耕地質量管理和發展節水農業的相關工作；協調收集種植業農情信息，負責救災備荒種子儲備、調撥的組織協調工作；負責組織糧、棉、油科技項目的試驗示范和技術推廣工作；參與組織種子及其資源的品種審定。
研究擬訂蔬菜、食用菌、瓜果、茶葉、藥材、糖料等經濟作物生產規劃與產業布局，并組織實施；提出經濟作物發展的政策建議；指導經濟作物結構調整及標準化生產工作；擬訂經濟作物技術措施和新品種、新產品開發規劃并組織實施；負責經濟作物種質資源保護。
紀檢（）和工會機構按有關規定設置。