在冬季，因施肥不當，棚菜易出現燒苗、氨氣危害和亞硝酸鹽中毒現象。因此，合理施肥是冬春大棚增加經濟效益的有效措施之一。在施肥時應注意以下幾點：
混合肥料作基肥。大棚基肥要提早施入，可以減少因肥料分解而產生有害氣體，一般要求在定植前10～15天施入。基肥多種肥料混合施用，如遲效與肥料混合，氮與有機肥料混合，這樣可取長補短，使肥效平穩持久。
用餅肥作基肥施必須充分腐熟，用人畜糞尿浸泡15～20天，高溫發酵后再施用。基肥分層深施，整地時全層深施入土，或開溝施用，按有機肥、化肥的次序，深施在整好的廂中間，有利于充分發揮肥效，解決前期徒長、后期早衰的矛盾。
干旱條件下不施肥蔬菜是喜水作物，在土壤干旱時施肥，不但肥效不能充分發揮，而且會使土壤溶液濃度驟然升高，容易燒壞菜根。因此，施肥要與灌水相結合，要開溝深施，肥料蓋嚴實后再灌水，或隨水追肥。為了避免在干旱條件下施肥，大棚采用滴灌時一并施肥，可延緩土壤板結，節約用水，防止不合理施肥帶來的次生鹽漬化，同時防止因大水漫灌，增加棚內濕度，誘發病害發生。
選用化肥有講究。冬季大棚不宜多用磷酸二銨，一般棚菜需要大量的氮和鉀，需磷肥比較少，如茄子需要的氮磷鉀之比為3∶1∶4，黃瓜為3∶1∶10，番茄為6∶1∶12，因磷酸二銨含磷比例偏高且不含鉀，故大棚不宜多施磷酸二銨。
不要施用硫銨。硫銨是生理酸性肥料，施后會增加土壤的酸性，破壞土壤結構，長期施用易造成土壤板結。盡量少用或不用含氯化肥，棚室蔬菜施含氯化肥，會降低蔬菜淀粉和糖的含量，品質變劣，而且氯離子會導致土壤酸化，容易造成土壤缺鈣，引起土壤板結。不宜將鐵肥施入土中，因為鐵很易被固定失去活性，且鐵在葉片內不易流動，必要施時應用0.1%～0.3%的硫酸亞鐵溶液噴施于葉面上。
施用方法要得當。碳銨是冬季棚菜適宜的性肥料，在地溫20℃時極少揮發，進入土壤解離成銨離子被土壤吸附，然后慢慢被作物吸收，即使在5℃的土溫條件下也能轉化分解被作物利用，追肥時離作物根莖8～10厘米開10厘米深溝，撒施后嚴密蓋土可提高利用率10%～30%。尿素也是棚菜常用的化肥，要求早施、深施或根外追施。
棚溫在15～20℃時提前7天，棚溫在20～25℃時提前5天施入，追施時開深8～10厘米溝，撒施后嚴密蓋土，對株行距大的作物可采用開穴深施。根據棚溫隔5～7天澆水，使其在土壤中有足夠時間充分氨化，以利作物吸收利用。在作物生育期間，可用0.3%的尿素溶液噴灑葉面，每7天1次，每畝用溶液100公斤，連續2～3次。
防止施肥過量大。棚追肥要嚴格按照“少量多次”的原則，防止過量施肥。不同土壤每畝1次施用化肥的限量：尿素每畝不超過0.6公斤；過磷酸鈣基施沙壤土40公斤、壤土和黏土50公斤。一旦發現施肥不當，大棚內有害氣體含量過高時，要于中午氣溫較高時打開通風口換氣，以降低有害氣體濃度，蔬菜的正常生長。