作物管理旺季過后，很多農戶家里都有未使用完的農藥，如果保管不當，常會出現變質失效或爆炸燃燒等問題。從外部形態上分常用農藥有固體、液體和氣體三種，不同形態的農藥貯藏時有不同的要求。
液體農藥存放
應格外注意隔熱防曬，避免高溫，防止接觸空氣，要遠離火源，防止接觸氧化劑和堿性物質。一般宜放在通風蔽日、陰涼干燥的地方，存放時一般要注意瓶口向上，不要倒立，不要和硝酸鹽、強酸等強氧化劑及木炭、紙屑等有機物貯存在一起。瓶裝農藥的瓶蓋、瓶塞必須擰緊蓋牢，防止揮發分解。
有些農藥又有各自的特性，如辛硫磷和氟樂靈乳油見光遇熱易分解，宜貯存在黑暗陰涼的地方；敵敵畏乳油容易揮發分解，因此要注意密封，不要久貯；有機磷農藥大多遇堿易分解失效，貯存時不要與堿性物質混放。瓶裝液體農藥遇到零度以下低溫容易結冰，形成塊狀或使瓶子凍裂，因此在貯存時用稻殼等保溫防凍。
固體農藥存放
注意防潮隔濕，應將其用木板、水泥板或曬干的谷殼或麥秸、稻草等做鋪墊，并注意通風散潮。煙霧劑貯存時不可與易揮發、易燃、易爆物品放在一起，存放環境溫度也不要超過30℃。
氣體農藥存放
這類農藥目前使用得并不多，常使用的有溴甲烷。在冬季貯存時，同樣應防高溫，并防止劇烈沖撞，經常檢查閥門有無松動，鋼瓶有無縫隙，防止引起爆炸。
微生物農藥存放
應在低溫干燥的環境中保存，防高溫隔濕，保存時間不宜超過兩年。