近年來，含腐植酸復合肥、水溶肥因可以改良土壤結構，改善鹽堿，增加作物抗逆性，提高肥效利用率等作用，深受農民朋友的喜愛。市場上的腐植酸復合肥、水溶肥主要是以添加礦物源腐植酸或生化腐植酸為主。雖然都含有腐植酸成分，但是究其特點、功能、效果等方面卻是截然不同的。
一、顏色、來源不同。礦物源腐植酸廣泛存在于風化煤、褐煤、泥炭中，為深棕色或亮黑色的片狀、顆粒或粉末狀，易溶于水；生化腐植酸呈棕色，是一種生物發酵制取的腐植酸類產品，只有粉末狀一種形態。它原料來源廣闊，如農作物秸稈、木屑、制糖廢渣、釀酒廢液、糠醛渣、造紙廢液、動物糞便等各種可充分利用的農副產品和可再生的工業原料廢棄物。
二、生產過程不同。礦物源腐植酸主要生產過程如下：
生化腐植酸的主要生產過程如下：
三、所含成分不同。礦物源腐植酸主要由脂肪酸、酚酸、苯多羧酸等成分組成，成分相對固定，差異不大。而生化腐植酸成分復雜，不固定，易受發酵時間和原材料的影響，由于原材料與工藝的不同，生化腐植酸的組成成分差別也會比較大。
四、味道不同。礦物源腐植酸沒有任何氣味，生化腐植酸有明顯的發酵（發面）的氣味。
五、分子結構不同。礦物源腐植酸苯環較多，生化黃腐酸苯環少，基本是碳鏈。值得注意的是，苯環較多的腐植酸才能形成大量的官能團，而官能團則能提升作物抗逆性、提高肥料利用率與作物品質。
六、研究時間、深度不同。從研究時間與深度來說，礦物源腐植酸比生化腐植酸的研究要早的多，也深的多。目前國內對礦物源腐植酸的性質和成分研究的比較透徹，對生化腐植酸的關鍵數據和標準研究都比較模糊。
七、重要的一點是，在農業部標準NY/T1106-2010中，含腐植酸肥料標準明確規定了腐植酸類原料為礦物源腐植酸類，生化腐植酸類物質并未列入其中。
八、功效不同。通過上圖表可以發現，礦物源腐植酸的功效要遠遠大于生化腐植酸，礦物源腐植酸的功效更高，作用更大。
九、各有缺點。礦源腐植酸價格高，與鈣鎂含量較高（如井水）的水質較易發生凝絮、沉淀現象。生化腐植酸的缺點則更為明顯，如易生雜菌、溶于水時易成團，粘結在一起、密封儲存條件嚴格等等。
綜上所述，礦物源腐植酸無論是從特點上還是功效上，都要遠遠優于生化腐植酸，也就是說，含腐植酸肥料添加礦物源腐植酸的效果要明顯大于添加生化腐植酸的。