大家都知道，微生物肥料主要的作用就是里面所含的活性菌。微生物菌肥的核心是有效功能活菌數，即“有工作能力”的“活體”菌種數量，而不是一般的含有多少菌數。
這里我們重點說說這個“活性”問題，菌肥有菌不一定是好肥，必須要施入土壤中是活性的，才能發揮菌肥作用。
不然白搭！然而生物肥里的菌種活性是有一定時間限制的。菌肥標準規定包裝袋上應該標準菌種的有效期，一般正常儲存條件下有效期多為兩年
微生物菌肥的使用注意事項
一、選擇質量合格，過期不能用
菌肥必須保存在低溫（適溫度4～10℃）、陰涼、通風、避光處，以免失效。有的菌種需要特定的溫度范圍，如哈茨木霉菌需要保存在2-8℃的恒溫箱內，有效期為一年，而一些芽孢桿菌要根據生產質量高低，主要是看芽孢化水平，芽孢化高的能保存一年半甚至更久，芽孢化不好的達不到半年就失效，所以菜農應謹慎選擇菌肥產品。
不可以貪圖便宜選擇過期產品，這樣的生物菌含量很少，失去功效，一般超過兩年的生物菌肥要慎重選擇。
二、根據菌種特性，選擇使用方法
建議大家在使用生物菌肥的時候，基施可用方法有：撒施、溝施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分可以穴施效果更佳。不建議沖施生物菌肥，這樣效果不佳，但是可以灌根，主要針對液體生物菌肥。
三、盡量減少微生物死亡
施用過程中應避免陽光直射；蘸根時加水要適量，使根系完全吸附。蘸根后要及時定植、覆土，且不可與農藥、化肥混合施用，特別是現在很多菜農為防治根莖部病害，使用農藥灌根，如多菌靈、惡霉靈、硫酸銅等藥劑，真菌、細菌都能防治，但對菌肥中的有益菌也有殺滅作用，所以建議使用菌肥后不要再用農藥灌根。
四、為生物菌提供良好的繁殖環境
菌肥中的菌種只有經過大量繁殖，在土壤中形成規模后才能有效體現出菌肥的功能，為了讓菌種盡快繁殖，就要給其提供合適的環境。
1、適宜的PH值。一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果較差，如硅酸鹽細菌需要在PH7-8土壤中生存，所以要配合施用石灰、草木灰等，以加強微生物的活動。
2、微生物生長需要足夠的水分，但水分過多又會造成通氣不良，影響好氣性微生物的活動，因此必須注意及時排灌，以保持土壤中適量的水分。
3、生物肥料中的微生物大多是好氣性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷細菌等。因此，施用菌肥必須配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通氣良好。
五、使用生物菌肥必須投入充足有機肥
有機質是微生物的主要能源，有機質分解還能供應微生物養分。因此，施用生物肥料時必須配合施用有機肥料，所以菜農在使用菌肥時應與糞肥等有機肥一起施用，不但可加快有機肥的腐熟速度，而且能促進菌群的形成，提供菌肥的肥效。因此，必須供應充足的氮磷鉀及微量元素。
例如豆科作物生長的早期，必須供應適量的氮素，以促進作物生長和根瘤的發育，提高固氮量；施磷肥能發揮“以磷增氮”的作用；適量的鉀鈣營養有利于微生物的大量繁殖；鉬是根瘤菌合成固氮酶必不可少的元素，鉬肥與根瘤菌肥配合施用，可明顯提高固氮效率。
六、生物菌不宜與氮磷鉀大量元素肥料共同使用
生物菌適合與有機質共同使用，但是與氮磷鉀等復合肥料共用，能殺死部分微生物菌，降低肥效。