小麥苗期要經歷一個嚴寒的冬季，常會因耕作質量差，管理不到位等而造成一些異常苗的發生，嚴重影響小麥產量。如果及早采取措施，仍能使其轉化為正常麥苗。
一、 疙瘩苗和立針苗
發生原因： 播量過大 ，易形成疙瘩苗；播種過深， 秸稈粉碎的質量不好或土壤明暗大坷垃多，使麥苗出土受阻可形成立針苗。
應對措施：（1）對于播種過密、過深形成的疙瘩苗、立針苗，盡早扒土把多余的麥苗除掉，以充分利用地力、光能使個體生長健壯。（2）適時澆好小麥封凍水。為了使弱苗轉壯，鞏固冬前蘗，增加春生蘗，結合澆凍水追施化肥，一般每畝施尿素15—20公斤。
二、黃苗
黃苗，從小麥出苗到拔節前，田塊中存在的苗弱、苗小、黃葉、黃心、黃蘗等都屬于黃苗。
發生原因：整地質量不好，明暗坷垃多，土壤懸松，扎根不實，導致麥苗縮心黃葉；施用未充分腐熟的底肥，或種肥施用過多，使種子或幼苗；
墑情不好，播種過深，使小麥苗瘦弱，葉片細長而黃；地力差的麥田播種過早，麥苗過旺，且未施底肥或追肥不及時，麥苗由于缺乏營養而發黃；
土壤通氣不良，根系發育不好，麥苗瘦弱，葉發白發黃；土壤缺氮、磷肥，尤其是在缺磷肥嚴重時葉黃苗小；地下害蟲、根腐病的危害形成黃苗。
治理技術：（1） 用竹耙扒去表土，幫助麥苗出土，或進行清理，以促進麥苗生長。
（2） 應及時松土，散墑通氣。
（3） 抓緊時間補施性的氮、磷肥，以使麥苗盡快轉壯。
（4） 立即澆水稀釋肥效。
（5） 可采取中耕、摟麥、澆水等技術措施促其轉化。若黃苗有繼續發展成死苗的可能，要抓緊時間查苗補種，或進行移栽，防止缺苗斷壟。
三、露籽苗
原因：蓋土不勻或者稻田套播小麥，或因機械故障等原因，容易出現露籽苗。露籽苗容易發生凍害，易倒伏，后期易青枯，使用除草劑時也易產生藥害，防治的辦法是及早蓋土。
治理措施：對套播麥可在旋耕機中間安裝大規格犁刀，反旋開墑溝，用開溝形成的細土蓋種。
四、缺苗斷壟
主要是地力墑情不好，或地面不平，澆水不勻；小麥發芽率不高，摻拌不勻；坷垃大及地下害蟲的危害造成的。一般麥壟15厘米以下無苗是缺苗；麥壟15厘米以上無苗是斷壟。
預防措施：一是精細整地，地要平整。
二是足墑播種，如果播種時土地欠墑，一定提前1周澆水，待水分適宜時再播種。
三是一定做好麥種的發芽試驗，發芽率低于95%的不要用做麥種，播前拌種要勻。
四是適時防治地下害蟲。
五、僵苗和小老苗
僵苗是指麥苗生長停滯，長期停留在某一個葉齡期，不分蘗，不發根；小老苗是指麥苗生長到一定數量的葉片和分蘗后，生長緩慢，葉片短小，分蘗同伸關系遭到破壞。
發生原因：土壤板結，通透性不良，土層薄，土壤肥力差或供肥不足。
治理技術：疏松表土層，破除板結。結合頂凌期間返漿，開溝補施適量磷鉀肥，以加速麥苗生長。
六、旺長苗
在溫度偏高和播種過早、肥水過猛時，往往形成冬前麥苗旺長。出現這種情況，會降低麥苗的抗凍能力，降低分蘗成穗率，后期容易出現早衰、倒伏，因此不利于高產。
凡有旺長趨勢的麥田，冬前要及時實行鎮壓，深耕斷根，并適量噴施多效唑，控上促下，防止冬前拔節，盡量少施或不施苗肥，少施臘肥，適當遲施拔節孕穗肥。
苗期病害
銹病
防治指標：當田間出現中心病株或病團時，立即進行施藥防治。
專家建議：小麥銹病發病初期用12.5%氟環唑30克、或25%丙環唑40克、或25%戊唑醇懸浮劑30克噴霧防治。
全蝕病
為典型的根部病害，幼苗期受害，初生根和根基部變黑褐色，存活病苗上部葉色變淺，基部葉片黃化，植株矮小，病株易自根基部處拔斷。
紋枯病
在小麥幼苗期主要危害地下莖，阻礙養分和水分的運輸造成小麥葉片發黃，隨后逐漸向上發展。
防治指標：當田間病株率當10%以上時，立即進行施藥防治。
防控小麥苗期病害，關鍵是在播種前對種子進行藥劑處理，常用藥有25克/升咯菌腈懸浮種衣劑、4.8%苯醚·咯菌腈懸浮種衣劑、12.5%硅噻菌胺懸浮劑等。
專家建議：可以用噻呋酰胺，丙環唑，已唑醇，戊唑醇，三唑酮，氟環唑，苯醚甲環唑-丙環唑等加磷酸二氫鉀噴霧，間隔7天連續噴施一次。
白粉病
防治指標：孕穗期至抽穗期病株率達20%時施藥防治。
專家建議：防治白粉病一般抓住在小麥白粉病病株率達到15%，或病葉率達到5%時，每畝用15%三唑酮可濕性粉劑75克，對水60公斤噴霧防治。75%戊唑。嘧菌酯水分散粒劑，對小麥白粉病的防治效果較好。
一般每畝用藥10-15克，折合每畝用戊唑醇純藥5-7.5克，嘧菌酯純藥2.5-3.75克。對防治白粉病效果較好。但需注意在白粉病菌對戊唑醇等唑類殺菌劑產生抗性的小麥種植區，使用該藥對白粉病效果不穩定，應改用其他有效藥劑。
赤霉病
防治時期：小麥初花期搶晴用藥。
專家建議：要掌握兩點，一是時間上，二是藥劑。在小麥抽穗后揚花5-10%進行噴藥預防，這幾年提倡見花就打的防治措施。
用氰烯菌酯、氰烯。己唑醇、戊唑。多菌靈、多菌靈、甲基硫菌靈、甲基硫菌靈、咪鮮。多菌靈、多。銅噴霧防治，間隔5-7天“齊穗期”再防治一次。